המוזיאון נוסד בשנת 1906,נחשב לגדול במוזיאונים היהודיים באירופה,במוזיאון אוסף היודאיקה מהגדולים בעולם. האוסף מיוחד גם בעובדה שכל החפצים מייצגים אזור היסטורי אחד, עיקר אוצרות המוזיאון היהודי בפראג נאסף בימי הגליות יהודי בוהמיה ומורביה.במוזיאון מוצגות עבודות אומנות,כלי קודש,40,000 מאמרים בנושאי יהדות,100,000 ספרים,המשותף לאוספים הם מוצאם ממדינת בוהמיה ומורביה.